A Program Igazgatóság feladata az Ügynökség munkájához kapcsolódó stratégiai és operatív tervezési és programozási tevékenységek ellátása, az ezekhez kapcsolódó stratégiai dokumentumok koordinálása és elkészítése.
Az Igazgatóság fő aktivitást az Észak-Magyarországi Operatív Programhoz kapcsolódó feladatok jelentetik. A folyamatosan megjelenő ÉMOP pályázatoknál az Igazgatóság koordinálási funkciókat töltött be: részt vesz a Pályázat Előkészítő Munkacsoportok munkájában, szakmai szervezetekkel és az OP Irányító Hatóságával egyeztetve javaslatot tesz a kiírások szövegezésére.
Ezen kívül az Igazgatóság látja el az Ügynökség ügyfélszolgálati tevékenységének koordinálását is, mely alapvetően három csatornán keresztül történik. Egyrészt az érdeklődők telefonon keresztül is fel tudják tenni a kérdéseiket, másrészt akár személyesen is megkérdezhetik azokat az ügyfélszolgálati irodákban, illetve a megyei irodákban, valamint a KKH hálózat munkatársainál. Harmadrészt e-mailen is kapcsolatba léphettek az Ügynökséggel az érdeklődök.
Az Igazgatóság vesz részt az Akciótervek előkészítésében. Az Akciótervek társadalmasításának koordinációját is az Igazgatóság végzi. A Kistérségi Koordinációs Hálózat munkatársai segítségével több kistérségi rendezvényt szervez az Igazgatóság, valamint több szakmai szervezettel is kapcsolatban áll, és tájékoztatja őket az Akcióterv fontosságáról.
Az Igazgatóság a tevékenységének köszönhetően szorosan együttműködik az Ügynökség Projekt Igazgatóságával és KKH hálózatával.
Az Ügynökség 2008-ban létrehozta KARRIER Alapítványt azzal a céllal, hogy a felsőoktatási intézmények hallgatói részt tudjanak venni az Ügynökség munkájában, átlássák a területfejlesztési folyamatokat. Az Igazgatóság munkájához hozzájárulnak a Miskolci Egyetem Gazdaságtudományi Karáról érkező gyakornok.